一、对身体造成创伤
无痛人流尽管在手术过程中能减轻疼痛，但仍会对身体造成一定的创伤。因为它需要通过器械进入子宫进行操作，这可能会损伤子宫内膜、子宫颈等生殖器官。例如，在吸宫或刮宫过程中，可能导致子宫内膜变薄，影响后续的受孕和胚胎着床。
二、怀孕时间和孕囊大小的影响
如果怀孕的天数较长，胎儿已经形成或者孕囊较大，进行无痛人流后，对身体造成的影响会更为严重。因为此时手术的难度增加，可能会引发更多的并发症，如大出血、子宫穿孔等。
三、增加感染和粘连风险
在进行无痛人流时，如果术前检查不完善，如没有发现宫腔内感染、阴道炎、盆腔炎等疾病，或患者存在部分疾病，如心脏病、高血压、哮喘、癫痫等，手术过程中可能会出现并发症，导致疼痛的症状加重。同时，如果患者存在发烧、阴道炎等情况，局部存在炎症，会造成炎症的扩散，从而导致手术后感染的情况出现。宫腔小、子宫发育不良，如子宫较小或畸形，此时子宫可能会导致刮宫时刮不到子宫壁，进而导致手术时间延长、手术中感觉到疼痛等情况。另外，传染病患者如梅毒、艾滋病、病毒性肝炎等，也不建议进行无痛人流手术，因为手术的操作过程可能会导致传染病传播。此外，如果患者属于初次无痛人流手术，对手术过程不能耐受，也容易造成手术后出血较多的情况。
四、经济负担
无痛人流在经济上也会造成一定的损失，因为其费用通常会比其他流产方式更高。
五、胎停情况的特殊处理
当胎儿停止发育时，医生不建议直接进行无痛人流。这是因为胚胎组织容易粘附在子宫内壁上，一次移除胚胎并不容易。通常需要口服堕胎药物使胚胎组织自由脱落，然后进行人工流产，即刮宫。