对肠镜检查的恐惧与担忧
很多人不建议做肠镜主要是出于对肠镜检查的恐惧和担忧。一方面，肠镜检查可能会带来一些身体上的不适。在普通肠镜检查过程中，为了保持清晰的视野，医生会往肠道里充气，气体会让人有一种腹胀感。而且我们的肠子并不是固定的，特别是乙状结肠，移动度很大，所以肠镜检查过程中，会出现肠子的牵扯，也有可能引起一定的不适，导致腹痛腹胀 。虽然这种不适大多数人是可以耐受的，但部分患者由于肠子的移动度特别大，肠镜检查特别困难，会出现严重的不适，这使得很多人对肠镜检查望而却步。另一方面，是对肠镜检查过程的心理恐惧。很多人虽然没有做过肠镜检查，但通过道听途说或者自己的想象觉得肠镜检查很可怕，毕竟是将一根较长的检查管伸到身体里，一想到这个画面就心惊肉跳 。
肠镜检查前的肠道准备工作较为难受
肠镜检查前需要进行肠道准备，这一过程让很多人难以接受。肠道准备需要喝泻药来清空肠道，这是一个比较折磨人的过程。一般在肠镜检查前一天需要喝下1000毫升左右的泻药（在食用少量流质食物后），然后在肠镜检查前4 - 6小时开始，要在1小时内喝下2000毫升泻药，如果存在便秘症状，可能还需要再增加500到1000毫升饮水量。一下子喝这么多液体，肚子饱胀感会让人非常难受，而且这种泻药不是水，带有味道，难以下咽，很多人会喝到上吐下泻，甚至有患者表示“咚咚咚地干了2000mL的泻药，一边喝一边吐，泻药的味道，现在回想依然想吐” 。虽然泻药对人体基本无害，最多就是喝不下、拉不下，但这种难受的感觉让很多人对肠镜检查产生抵触情绪。
缺乏对肠镜重要性的认识
很多人忽视癌症早筛查，对肠镜检查在预防和早期发现结直肠癌方面的重要性认识不足。在我国，结直肠癌的发病率和死亡率逐年上升，但肠镜的普及率却比较低。数据显示，在我国50岁以上人群能够接受肠镜的不足15%。很多人没有意识到80% - 95%的肠癌是由息肉发展而来的，从息肉发展到肠癌一般需要经过5 - 10年，而在这个期间如果通过肠镜检查，进行息肉切除（病理提示为良性的情况下），只需要每年复查，连续2 - 3年不复发，基本可以5 - 10年复查即可。如果没有进行过肠镜检查，息肉可能慢慢发展成腺瘤，进一步发展成重度异性增生，最终可能发展成癌。由于缺乏这种认识，人们往往不愿意主动去做肠镜检查 。
觉得肠镜检查程序繁琐
有些人没有定期体检的意识，而对于那些有定期体检习惯的人来说，肠镜相较于其他检查而言程序过于复杂。除了前面提到的肠道准备工作比较麻烦之外，肠镜检查还需要提前预约，并且在检查前后可能需要遵循一些特殊的注意事项，比如检查前要吃半流无渣易消化食物，不能吃酱油、蔬菜、水果等不容易消化的食物，检查后如果是麻醉肠镜检查需要等患者清醒后才能进行一些活动等。这些繁琐的程序使得一些人不愿意选择肠镜检查 。
对隐私暴露感到尴尬
由于肠镜检查时，需要脱掉裤子，暴露隐私部位，有些患者觉得很尴尬，所以很抗拒肠镜检查。这种心理上的障碍也成为不建议做肠镜的一个原因 。