印尼排华的历史原因
印尼排华的原因是多方面且复杂的，主要包括以下几点：
政治因素：1965年的印尼军政府屠华事件，导火索是当时军方和苏加诺总统、印尼共产党之间的政治火拼——史称“930”政变。这次政变中，以苏哈托少将为首的军方获得胜利，苏加诺总统遭软禁，而印共这个苏加诺的政治盟友则惨遭军方强力铲除。在清缴印共的同时，苏哈托对在印华人大开杀戒。
经济因素：印尼的地缘结构支离破碎，经济落后且未曾经过土改，大量社会资源都掌握于散落各地的土著地主之手，这种格局严重制约了印尼的工业化转型，也削弱了中央政府对社会资源的控制力，进而威胁到印尼的国家稳定。苏哈托认为华人在印尼是少数族裔，且大多以工商维生，拥有大量财富，而在政治上地位低下，是最好的掠夺对象。
社会因素：印尼贫富差距非常之大，土著底层民众对富裕的华人工商业者有着与生俱来的仇富情绪，而这种阶级对立，又因着印华在族群和宗教上与印尼主流的格格不入，而沾染上强烈的种族对立色彩。
历史因素：在殖民时期，华人往往在经济领域占据优势地位，这使得他们在独立后成为了本土人群的经济竞争对手。
印尼排华事件的发展过程
1965年的印尼军政府屠华事件，导火索是“930”政变。在这次政变中，以苏哈托少将为首的军方获得胜利，苏加诺总统遭软禁，印共惨遭军方强力铲除，以党领袖艾地在内的30万党员惨遭屠杀，党组织被摧毁，印共从此一蹶不振，逐渐衰亡。在清缴印共的同时，苏哈托对在印华人大开杀戒。
1957~1961年印度尼西亚发生的大规模排华事件，其发展过程如下：
印尼总统苏加诺自1956年起力图改造印尼政治结构，期间印尼军队改革也进入重大调整时期，出现了地方叛乱。在印尼政府军的严厉打击下，叛乱于1958年下半年得以平息。1959年7月，苏加诺宣布废除制宪议会，恢复1945年宪法以及实行总统内阁制，并于1960年正式取缔马斯友美党、社会党。以台湾当局支持叛军为借口，印尼政府开始了一系列排华举措。1957年7月1日，印尼颁布了《一九五七年外侨税紧急法令》，对华侨课收外侨税。1958年1月28日，印尼商业部公布了《有关外侨商业准字通告》。1959年5月14日，印尼商业部做出决定：设在印尼县、州、市和省首府之外的外侨零售商店和小商店的经营期限只能到1959年12月31日为止。11月18日，苏加诺又签署总统第十号法令，进一步要求所有外侨小规模和零售贸易企业至迟必须在1960年1月1日前停业，而当地军政负责人基于安全情况可要求外侨离开其居住地。
印尼社会对排华的态度及影响
在1959—1961年的印尼排华浪潮中，印尼社会的态度较为复杂。从表面上看，这次排华主要针对的是亲台华侨，但实际上这股排华风潮的兴起已经远远超过作为报复台湾当局的举措，而是印尼长期累积的族群矛盾、军方厌华心理以及印尼极力发展民族经济政策等的具体表现。
这一时期，在中印尼各自国内政治和国际局势都出现变动的背景下，印尼排华问题的敏感性被过度放大，以至于中国政府正当的护侨行动被印尼解读为干涉其内政，进而引发了双方之间的相互指责。但是，中国与印尼的外交攻势都旨在“教育”对方，两国关系出现了斗而不破的微妙情形，即中国和印尼一方面在公开场合相互抨击，另一方面又在直接会谈时反复强调友谊的重要性。归根到底，双方在当时的环境下既不存在战略性的利益冲突，也不存在长期敌对的动机和必要性。1961年6月印尼总统苏加诺再度访华后，中国与印尼关系重归友好轨道。
国际社会对印尼排华的反应
面对印度尼西亚境内突然兴起的排华浪潮，中国政府高度重视。1959年10月11日，国务院副总理兼外交部部长陈毅与来华访问的印尼外交部部长苏班德里约签订了联合公报，指出在印度尼西亚经济发展和稳定的过程中，定居在那里的华侨的经济地位可能将受到某种影响，两国外交部长认为，应该寻找适当的方法使这个问题的解决有利于印度尼西亚经济的发展和使华侨的正当权利和利益受到尊重，两国外交部长同意，华侨的经济力量将仍然对于印度尼西亚的经济发展起有益的作用。1959年12月9日，面对印尼日益升级的排华事件，陈毅公开致信苏班德里约，要求印尼方面“切实保护自愿保留中国国籍或者选择印度尼西亚国籍而未获批准的华侨的正当权利和利益”，对于流离失所或不愿继续留居的华侨，中国政府准备安排他们回国。从1960年起，中国政府开始大规模安排印尼的难侨回国。2月2日，国务院发布《关于接待和安置归国华侨的指示》，要求在广州、汕头、湛江、海口等归国华侨入境港口设立接待机构，并责成广东、福建、广西、云南等省、自治区的人民委员会负责做好归国华侨的安置工作等。
印尼政府对排华的处理措施
在1957~1961年印度尼西亚发生的大规模排华事件中，印尼政府采取了一系列强硬的排华措施，包括颁布各种法令限制华侨的经济活动，如要求外侨零售商店和小商店停业，逼迫华侨搬迁，冻结华侨存款等，这些措施严重损害了华侨的经济利益和人身权利。
中国政府对印尼排华事件高度重视，与印尼政府进行了外交交涉。1959年10月11日，国务院副总理兼外交部部长陈毅与来华访问的印尼外交部部长苏班德里约签订了联合公报。1959年12月9日，陈毅公开致信苏班德里约，要求印尼方面切实保护华侨的正当权利和利益。从1960年起，中国政府开始大规模安排印尼的难侨回国，并发布相关指示做好归国华侨的安置工作。